养殖珍珠的颜色有很多原因，即有机色素和与珍珠壳生长的水库有关的化学物质（例如，海水和淡水的锰浓度不同，会影响珍珠层的颜色）。珍珠软体动物物种当然是这个过程中最重要的因素之一，特别是提供插入到性腺或地幔中的外套膜组织移植物（称为saibo）的供体标本（取决于培养方法）用于形成养殖珍珠囊的多产珍珠软体动物。异种移植（即从一个物种移植到另一个物种的宿主软体动物）的实验表明，颜色主要受养殖珍珠移植物的遗传特征控制。
此外，了解颜色机制至关重要在实验室中确定珍珠的颜色是天然的还是经过处理的（例如染色、加热、漂白）。珍珠牡蛎 Pinctada margaritifera typica 的外套膜组织细胞会分泌出不寻常的土色珍珠层（见于牡蛎的珍珠母贝壳内部），因此预计这些养殖珍珠的颜色也会以这种方式着色。
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